Данный тип микрочипов предназначен для быстрого и полного скрининга генома на предмет хромосомных аббераций в течение одного эксперимента. Не требует приготовления препаратов метафазных хромосом из исследуемой ткани, а, следовательно, не зависит от процесса культивирования клеток и связанных с ним артефактов и дает информацию о хромосомном наборе in vivo. Анализ на данных микрочипах Agilent не зависит от источника исследуемого материала и может быть успешно выполнен с малым количеством тестируемой ДНК. Кроме того, для анализа может быть использован архивный материал в виде заключенных в парафин или зафиксированных в формалине образцов тканей.
Дополнительно предлагаются специальные форматы микрочипов для анализа CNV (вариаций числа копий) и SNP (однонуклеотидного полиморфизма) с возможностью детекции UPD (однородительской дисомии) и LOH (потери гетерозиготности). Универсальность набора проб на микрочипах Agilent для сравнительной геномной гибридизации позволяет использовать их для различных типов приложений, таких как молекулярная онкология, изучение вариаций числа копий ДНК, постнатальная диагностика задержки развития и умственной отсталости, пренатальная диагностика хромосомных аномалий, предимплантационная диагностика анеуплоидий и микроделеций, проверка геномной «чистоты» клеточных линий, например, стволовых клеток.