Микрочипы для анализа метилирования ДНК предназначены для проведения всеобъемлющего, полногеномного анализа характера метилирования ДНК и установления взаимосвязи этого процесса с такими явлениями, как геномный импринтинг, замолкание (сайленсинг) генов, стабильность хроматина, раковые заболевания. Содержание проб на этих микрочипах сфокусировано на так называемых «СрG- островках» и промоторных областях.